U Odeljenju za arheologiju postoje sledeće zbirke: praistorijska, antička, ranovizantijska i zbirka Caričin grad, srednjovekovna i numizmatička.

 

  Od 1948. godine, osnivanjem Muzeja, započelo je prikupljanje građe istorijskog sadržaja i značaja, pa je istorijsko odeljenje jedno od najstarijih. Ono prati razvoj Leskovca i okoline od srednjeg veka do danas.
Zbirka prati razvoj materijalne i duhovne kulture gradskih i seoskih oblasti opština Leskovac, Lebane, Bojnik, Vlasotince i Crna Trava.
Sredinom sedamdesetih, posle otvaranja nove muzejske zgrade, Skupština opštine Leskovac izdvaja iz budžeta sredstva za otkup umetničkih slika kako bi se obogatio fond slika muzeja i afirmisala Galerija.
U toku je formiranje odeljenja za konzervaciju i restauraciju.